水族箱过滤棉有两种过滤方式，物理过滤和生化过滤。普通鱼缸过滤棉为白色，主要过滤水中杂质，过滤过程中不发生其他化学反映属于物理过滤。生化过滤棉为黑色，主要利用寄居在生化过滤棉中的硝化细菌过滤水中有毒物质。利用消化细菌使有毒物质变成无毒或对鱼儿无害的物质，这种过滤方式属于生化过滤。
这种鱼缸过滤棉具有良好的透气性和较高的机械强度，因此作为过滤材料具有流动阻力小，滤出效率高的优点。鱼缸过滤棉可反复水洗，耐用、经济、环保等优势，柔软度相对较硬。鱼缸过滤棉主要用于水族箱或水池当中的过滤废物及残渣，改善水质。
生化过滤棉主要培养优良硝化菌之温床，可分解排泄物及饲料残渣，改善水质，降低鱼类死亡率。鱼缸生化过滤棉可重复清洗，永不变型，可自由裁剪，柔软度很好。密孔间隙及柔软度，是经由专家分析最适合培养优良硝化菌之温床。
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